A FHO está entre as instituições de ensino superior do país contempladas com o Selo ''IES Amiga da Iniciação Científica''. A certificação é concedida pelo Semesp (Sindicato das Entidades Mantenedoras de Estabelecimentos de Ensino Superior) às instituições que fomentam a pesquisa e incentivam a participação dos estudantes em projetos de Iniciação Científica, como um importante passo no processo de formação profissional.

Desde 2001, o Semesp apoia a iniciação científica por meio da realização do CONIC-Semesp, o maior Congresso Nacional de Iniciação Científica do país. A FHO esteve presente na última edição com a apresentação de trabalhos de IC de alunos da Instituição.